Se cree que se originó en el año 900 antes de Cristo en la tribu de los Maninka, que significa personas de Mande, aunque hay quien data ese origen en el 1300 antes de Cristo. Mande se situaría, en la actualidad, aproximadamente en Mali, no en vano Mali es una deformación de las palabra Mande y Malinke (esta ultima sinónimo de Maninka). Desde aquí el djembé emigró a otras zonas como Senegal, Nigeria, Guinea, Costa de Marfil y Burkina Faso. Se cree que fue creado por los Numu, artesanos talladores de madera, que eran considerados los guardianes de cierto poderes. Ellos se encargaban de esculpir el cuerpo de los djembes y de tocarlos.
Al djembé se le conoce en esos lugares como el tambor curativo por su gran poder, se usaba en ritos sagrados, nacimientos, bodas y funerales, acompañado de otros instrumentos como el dundun, el balafon o el shekere. tiene diferentes ritmos, muy ricos y variados, podemos nombrar algunos como: MANDIANY, se tocaba en trabajos agrícolas. DOUNUMBA, se toca en las bodas. WOLOSODON, éste se toca en bautizos y en la ceremonia de la circuncisión. Los ritmos originales del djembé han ido cambiando a lo largo del tiempo, adaptándose a los tiempos modernos e integrándose con otros tipos de música. La forma en que ritmos como el SUNU o el DOUNDUMBA se han transmitido de generación en generación durante siglos, ha sido mediante el complejo sistema silábico y vocal de las lenguas africanas. Los maestros cantaban los ritmos a sus alumnos y estos los practicaban.
La primera expansión se produjo en el siglo XVIII por la tribu Diola que eran comerciantes. Pero fue en 1950 cuando el djembé se dio a conocer por todo el mundo gracias a la gira que realizaron Les Ballets Africains del guineano Fobeda Keita. Este grupo tuvo un impacto considerable e hizo que el djembé se conociera más allá de sus fronteras tradicionales.
También las migraciones a Europa y los Estados Unidos han contribuido a popularizar este instrumentoEn la actualidad son muchos los solistas y grupos que han incluido en sus obras musicales temas para djembé y que usan este instrumento como un acompañamiento de percusión más.La forma en que ritmos como el SUNU o el DOUNUMBA se han transmitido de generación en generación durante siglos, ha sido mediante el complejo sistema silabico y vocal de las lenguas africanas. Los maestros cantaban los ritmos a sus alumnos y estos los practicaban.